Na Atlantidě se aktivuje brána - Todd pomocí rádiového spojení varuje expedici, že jeden z jeho vědců a důstojníků jej zradil. Při válce s replikátory Todd tajně ukradl několik ZPM a jeho nejlepší vědci pracovali na upravení mateřské lodi, aby mohla čerpat energii právě ze ZPM. Když na to jeden wraithský vědec přišel, rozhodl se obrátit proti Toddovi. Nová mateřská loď by se tak stala zcela neporazitelnou. Daedalus v čele s plk. Caldwellem se snaží ještě nedokončenou loď zničit, avšak nevyjde to. Naopak dostane zprávu, že Wraithi obdrželi souřadnice Země a chystají se ji napadnout. Všichni tak společně musí odvrátit nevyhnutelnou katastrofu...

V poušti nedaleko Las Vegas bylo nalezeno tělo. Na místo přijíždí detektiv John Sheppard. Vypadá to, že ve městě řádí divný sériový vrah. Mrtvola v poušti je již jeho osmá oběť. Všechny oběti byly seschlé, jako kdyby z nich někdo vysál život. John se setkává s agentem Woolseym z FBI, který jej vezme do Oblasti 51. Tam se od dr. McKaye dozvídá různé tajné a neuvěřitelné věci. Vrah však mezitím zabije další oběť a John jej musí najít a zneškodnit...

Vědomí dr. Kellerové je přeneseno do ženy jménem Neeva. Neeva je zmatená - je v jiném těle v neznámém městě, a proto chce v těle Jennifer z Atlantidy utéct. Je to díky antickému přístroji, které musí být neustále aktivní, aby se přesun vědomí udržoval. Mezitím Jennifer zjistí, že se nachází v těle Neevy a že je ve vězení na neznámé planetě. Představitelé vesnice ji chtějí popravit za to, co Neeva udělala. Je sice zachráněna svými zlodějskými komplici Jannikem a Bordalem, avšak ti začínají tušit, že je něco v nepořádku. Tým plk. Shepparda musí najít jak Kellerovou, tak mimozemské zařízení, které přesun způsobilo.